مورینیو ابتدا جانشینی فرگوسن در منچستریونایتد را پذیرفت، اما منصرف شد
ژوزه مورینیو در سال ۲۰۱۳ ابتدا با جانشینی سر الکس فرگوسن در منچستریونایتد موافقت کرد، اما پس از آن تصمیمش را تغییر داد و به دلیل تعهدی که به چلسی داده بود، از پذیرش این سمت صرفنظر کرد. این جزئیات در مستند تازهای درباره دوران حرفهای مورینیو که از ۱۱ اوت در نتفلیکس منتشر میشود، تأیید شده است؛ بیبیسی اسپورت نیز روایت افراد مرتبط با باشگاه را درباره این روند منتشر کرده است.
فرگوسن در دیدارهایی در مادرید و لندن، مورینیو را که رابطهای مثبت و همراه با احترام متقابل با او داشت، از تصمیم خود برای کنارهگیری در پایان فصل ۲۰۱۳-۲۰۱۲ مطلع کرده بود. به گفته یک منبع، تغییر تصمیم مورینیو ظرف چند روز رخ داد، هرچند منبع دیگری گفته است مذاکرات برای جذب او هفتهها ادامه داشت. مذاکرات حتی به توافق بر سر شرایط همکاری رسیده بود، اما این توافق نهایی نشد.
فرگوسن در مستند میگوید مورینیو یک شب با او تماس گرفت و در حالی که گریه میکرد، گفت: «الکس، نمیتوانم این کار را انجام دهم. قولم را به چلسی دادهام و نمیخواهم زیر قولم بزنم.» مورینیو دلایل خانوادگی را مطرح کرد، اما برخی افراد مرتبط با منچستریونایتد همچنان درباره این توضیح تردید دارند. او خانهای خانوادگی در لندن دارد و پس از اخراج نخست خود از چلسی در سال ۲۰۰۷ وعده داده بود به این شهر بازگردد. رابطه خوب او با رومن آبراموویچ، مالک پیشین چلسی، نیز احتمالاً در تصمیمش مؤثر بود.
در همان تابستان، علاوه بر فرگوسن، دیوید گیل، مدیر اجرایی بسیار مورد احترام باشگاه، نیز کنار رفت. مدیران ارشد منچستریونایتد معتقد بودند باشگاه به مربیای با اعتبار و توانایی لازم برای مدیریت این انتقال نیاز دارد؛ زیرا مسئله فقط جانشینی فرگوسن نبود، بلکه ساختار اداره تیم نیز باید تغییر میکرد. فرگوسن عملاً در بیشتر امور فوتبالی کنترل داشت و باشگاه باید بدون لطمهزدن به رقابت در زمین، ساختار تازهای ایجاد میکرد.
پس از منتفیشدن حضور مورینیو و در حالی که پپ گواردیولا به بایرن مونیخ متعهد بود، منچستریونایتد سراغ دیوید مویس، سرمربی وقت اورتون، رفت. مویس از برخی ویژگیهای مدیریتی فرگوسن برخوردار بود، اما با وجود موفقیت نسبی در اورتون، تجربه کار در بالاترین سطح فوتبال را نداشت. باشگاه او را «گزینه برگزیده» معرفی کرد، اما دورهاش موفق نبود و منچستریونایتد فصل را در رتبه هفتم به پایان رساند.
مورینیو سرانجام در سال ۲۰۱۶ و پس از اخراج لوئی فانخال، سرمربی منچستریونایتد شد؛ فانخال تنها ۴۸ ساعت پس از قهرمانی تیمش در جام حذفی انگلیس برابر کریستال پالاس برکنار شده بود. با این حال، تیم و رختکن اولدترافورد دیگر مانند سه سال قبل نبودند. از ۱۸ بازیکنی که در فصل قهرمانی ۲۰۱۳-۲۰۱۲ دستکم در ۱۰ مسابقه لیگ برتر در ترکیب اصلی قرار گرفته بودند، تنها داوید دخیا، فیل جونز، وین رونی، کریس اسمالینگ، مایکل کریک و آنتونیو والنسیا در نخستین فصل مورینیو نیز چنین نقشی داشتند.
مورینیو در نخستین فصل خود لیگ اروپا و جام اتحادیه را برد و دو بار منچستریونایتد را به لیگ قهرمانان رساند. تیم او یک فصل در لیگ برتر دوم شد و با ۸۱ امتیاز، بهترین رکورد باشگاه در دوران پس از فرگوسن را ثبت کرد؛ مورینیو این رتبه را با وجود فاصله ۱۹ امتیازی با منچسترسیتی، یکی از «بهترین دستاوردهای» دوران مربیگریاش دانسته است. با این حال، او با بازیکنانی از جمله پل پوگبا، گرانترین خرید وقت باشگاه، اختلاف پیدا کرد و مدیران منچستریونایتد را متهم کرد که در موضوع آنتونی مارسیال، مهاجمی که قصد فروشش را داشت، از او حمایت نکردهاند.
به باور برخی منابع، اگر مورینیو بلافاصله پس از فرگوسن هدایت تیم را بر عهده میگرفت، تأثیر بیشتری میگذاشت. آنها معتقدند شخصیت او احتمالاً باعث میشد در بازار نقلوانتقالات با قاطعیت بیشتری عمل کند. از جمله، انتقال توافقشده تیاگو آلکانتارا از بارسلونا احتمالاً نهایی میشد و منچستریونایتد وارد ماجرای پرهزینه جذب ماروانه فلینی نمیشد؛ فلینی در روز پایانی نقلوانتقالات با مبلغ ۲۷.۵ میلیون پوند از اورتون آمد، پس از آنکه باشگاه فرصت استفاده از بند فسخ ارزانتر او را از دست داد. مورینیو همچنین درباره چند بازیکن، از جمله دانیله دهروسی، هافبک تیم ملی ایتالیا، نظر خود را به باشگاه داده بود.
مورینیو تنها سرمربی منچستریونایتد پس از بازنشستگی فرگوسن است که یک جام اروپایی برای این باشگاه به دست آورده است. با وجود این، ارزیابی عملکرد او همچنان دوگانه است: برخی دورهاش را موفق میدانند و برخی معتقدند او نتوانست وعدهها را محقق کند و باشگاه را در شرایطی آشفته ترک کرد. گزارش بیبیسی میگوید تصمیم مورینیو در سال ۲۰۱۳ ضربهای بزرگ به منچستریونایتد بود؛ ضربهای که به باور برخی، این باشگاه هنوز کاملاً از پیامدهای آن عبور نکرده است.